Dans un village littoral du Japon médiéval, Kubo est un jeune garçon vif et généreux qui s'occupe de sa mère. Il gagne suffisamment de quoi mener une vie modeste en racontant des histoires aux autres villageois, dont Hosato, Akihiro et Kameyo. Mais cette existence relativement calme se trouve bouleversée lorsqu'il invoque malencontreusement un esprit de son passé, qui descend des cieux pour se venger d'une vendetta séculaire. Cela va générer un chaos extraordinaire : dieux et monstres se lancent à la poursuite de Kubo qui, pour survivre, doit retrouver une armure magique jadis portée par feu son père, un samouraï légendaire. Armé de son seul shamisen magique, il s'allie avec Monkey et Beetle.
